Mitte des 18. Jahrhunderts begann die Seeschifffahrt für Papenburg bedeutend zu werden. 1853 erwirbt Papenburg seine Freiheit. Graf Johann Ignaz Reichsfreiherr von Landsberg-Velen trat für 100.000 Taler die Rechte an Papenburg ab.
Jetzt war Papenburg eine Gemeinde. Der Abgeordnete H. H. Freericks gelang es schießlich die Rechte einer Stadt zu erwerben.1832 wurde der Name entgültig von der Königlichen Landdrostei Osnabrück festgelegt
Nach Verhandlungen mit dem Bischhof wurde aus Papenburg eine Herrlichkeit. Dies bedeutete eine besondere Rechtsform. Steuerfreiheiten, Erlass von Abgaben, eine eigene Gerichtsbarkeit waren jetzt möglich.
Der Drost musste sich im Gegenzug dazu verpflichten, den Katholizismus voranzutreiben, eine Kirche zu bauen und keine andere Religion zu tolerieren. Er konnte dieses Vorhaben persönlich nicht mehr umsetzen. Unter seinem Nachfolger Hermann Mathias van Velen wurde die St. Antonius Kirche errichtet.
Die Burg Papenborg wurde etwa um 1250 erbaut. Sie stand auf dem heutigen Gelände der Meyer Werft. Bei den vielen Bautätigkeiten auf der Werft kamen nach und nach die Reste der Burg zutage.
Am 17. April 1631 wurde die damalige Wasserburg Papenborg von dem Kürfürsten Ferdinand, dem Drosten des Emslandes, Diedrich von Velen, gekauft.
